食物中的脂肪首先在小肠内被水解为甘油和脂肪酸，吸收后再合成甘油三酯与胆固醇，磷脂加上载脂蛋白组成乳糜微粒进入血液循环运送到肝脏，在毛细血管壁细胞中又分解为甘油，脂肪酸被肝细胞摄入后再度合成为甘油三酯，其中一部分在进一步氧化中产生能量，大部分与载脂蛋白组成脂蛋白排泌入血。由于肝脏合成甘油三酯的功能很大，速度很快，故进出肝细胞的甘油三酯保持动态平衡。在改造同化脂肪的途径中，任何一个环节发生障碍，都能使甘油三酯滞留在肝细胞内而导致脂肪肝。
此外，肝细胞尚能产生载脂蛋白，肝细胞内的甘油三酯与之结合形成各种脂蛋白才能排泌到血液当中，转运到全身组织器官。若是肝功降低，生成载脂蛋白减少，甘油三酯转运不出去，也会停贮于肝细胞内而堆积，从而出现脂肪肝。
不难看出，形成脂肪肝的机理就是脂肪堆积在肝细胞内。由于食物中脂肪含量过多，大量甘油三酯进入肝细胞超过了肝功能处理能力，或者肝细胞合成甘油三酯过多不能转运出肝细胞，均是造成甘油三酯贮留的因素。
近年来，随着生活水平的提高，人们饮食结构和生活方式西方化，追求高糖、高脂肪、高热量饮食；工作智能化、劳动强度降低；不参加体育锻炼，以车代步，体力活动甚少，结果营养过剩，耗能减少，脂肪贮留体内。此外，肥胖症、高血脂、糖尿病、高血压、冠心病、病毒性肝炎、长期应用有损肝功能的药物等，都是诱发脂肪肝的危险因素。
值得一提的是，酗酒不但造成脂肪代谢紊乱，而且直接损肝细胞诱发炎症细胞浸润、肝细胞纤维化，终至肝硬化，导致肝功减退，甚至衰竭。