甲亢的自然病程约1～2年。一般来说，药物治疗方法只能控制其发展，使其顺利度过自然病期，所以疗程要长，需2～3年。尽管如此，轻型病人仍有25％复发，重型50％复发。复发病人治疗后，再度复发率高达75％。故甲亢治疗的方法选择，疗程确定，都是以如何降低复发率，提高治愈率为目的的。
复发原因：甲亢复发是指按正规治疗2年以上，达到治愈标准，停药后病情再现而言。有些病人病情时好时坏，是病情反复，不是复发。
1、最常见的原因是药量不足，疗程不够，病情好转就停药，病情加重再服药，如此反复长期不愈。
2、下列因素可诱发甲亢复发。感染：感冒、扁桃体炎、腹泻。不幸遭遇：如外伤、车祸、亲人亡故等。精神生理因素：如高考、转学、月经期、怀孕。饮食不节：过度饮酒、吸烟，长期吃含碘较多的食物或药品。
3、青年女性，甲状腺3度肿大，杂音明显，长期不消失。
4、甲状腺功能在正规治疗两个月以上，仍达不到正常水平，特别是T4正常后T3仍持续不降者（称T3优势甲亢）。
5、减量期药量较大，稍微减量，甲状腺功能就上升。
6、有甲亢家族史，工作紧张得不到休息，或经常值夜班。
7、甲亢治愈后需要停药时，甲状腺功能T3（纳克/毫升）/T4（微克/毫升）＞20，有87.5％的人停药3～12个月后复发，或甲状腺刺激抗体（TSAb）阳性者。目前认为只要TSAb阳性就不能停药，否则极易复发。
如何治疗和预防甲亢复发：
1、认真克服上述能引起甲亢复发的原因。
2、药物治疗要足量按疗程服用，每月查甲状腺功能1次，半年后每2～3个月查1次。根据症状和甲状腺功能调节药量。在治愈停药后，最好每隔3～6个月，再服1个月的抗甲状腺药物维持量，同时服用甲状腺素片，对甲亢复发者更应如此。甲状腺素片有防复发、防突眼、防甲状腺肿大的作用。遇有情绪波动、环境剧烈变化时，应随时加服一个月。有条件的患者要测定TSAb，只要阳性就不可停药。
3、轻型复发病人可以继续用抗甲状腺药物治疗，不过疗效不及初治好，疗程还需延长到3年以上。
4、甲状腺肿大在3度以上的复发病人，最好手术治疗，治愈率可达90％。若手术后再复发，轻者仍可用抗甲状腺药治疗，但需长期服用，直到TSAb阴性再停药。甲状腺肿大在3度以上的病人，最好用放射性碘治疗。
5、放射性碘治疗，最适合于药物、手术治疗后复发的病人。若经过放射性碘治疗后再度复发，因甲状腺受到放射线损伤，组织结构发生变化，不宜再行手术治疗，可用抗甲状腺药物治疗。